En el marco de discusión de las hipótesis sobre el origen de la sífilis (precolombina, colombina y unitaria), este estudio tuvo como objetivo identificar, a través de un trabajo sistemático, casos de treponematosis en individuos excavados en sitios arqueológicos de la costa sureste de Brasil. Se investigaron 768 esqueletos de 45 conchales (sambaquis) utilizando un método morfoscópico integrado para diagnosticar treponematosis en los huesos (sífilis, yaws y bejel). Fueron detectados 22 (2,86%) casos sospechosos de treponematosis en 14 de los 45 sitios arqueológicos evaluados (31,11%). Después del diagnóstico diferencial fueron identificados cuatro casos de sífilis adquirida, nueve casos de yaws y nueve individuos afectados con treponematosis sin diagnóstico definitivo. Once nuevas dataciones 14C AMS obtenidas de individuos con lesiones compatibles con treponematosis muestran que este espectro de enfermedades afectó a los individuos entre 6300 y 500 años AP. Este estudio sugiere la existencia de treponematosis en la costa sureste brasileña al menos alrededor de 6000 antes del contacto europeo.